পরিশেষ পদ্ধতির দুটি অসুবিধা হলো- ১. পরিশেষ পদ্ধতি প্রয়োগের জন্য অভিজ্ঞতার প্রয়োজন হয়। যার এ পদ্ধতি সম্পর্কে কোনো ধারণা নেই, সে এই পদ্ধতি প্রয়োগ করতে পারে না। ২. পরিশেষ পদ্ধতিকে কোনো একক কার্য বা কারণের ক্ষেত্রে প্রয়োগ করা যায় না। এই পদ্ধতি জটিল বা মিশ্র ঘটনার ক্ষেত্রে প্রযোজ্য হলেও কোনো একক ঘটনার ক্ষেত্রে প্রযোজ্য হয় না।